Objectif

Se familiariser avec les projets dans RStudio. Les projets sont des outils pratiques d’organisation des fichiers. Ils permettent de plus, une grande flexibilité et un partage facile entre utilisateurs.

Prérequis

Procédure

Étape 1. Démarrez la SciViews Box, et puis RStudio. Sélectionnez le bouton Project tout à droite dans la barre d’outils générale de RStudio. Un menu contextuel apparaît. Sélectionnez New Project.

Étape 2. Une boite de dialogue s’ouvre. Sélectionnez New Directory. Il est également possible d’employer un dossier existant.

Étape 3. Sélectionnez Empty Project.

Étape 4. Ensuite, RStudio vous demander quelques informations pour configurer votre projet.

Nommez le projet et indiquez où vous voulez le placer. Pour ce tutoriel, nous l’appellerons Oursins (Directory Name).

Cliquez ensuite sur Browse pour sélectionner le répertoire dans lequel vous placerez ce nouveau projet :

Naviguez vers le répertoire Shared…

… puis le sous-répertoire Projects :

Cliquez sur Choose. Vous pouvez éventuellement cocher aussi l’option Create a git repository (nous vous le conseillons), mais ne cochez surtout pas Use packrat with this project ! Packrat permet de garder une copie des packages R utilisés dans un projet, mais d’une part, ce système est incompatible avec le format de fichiers du dossier Shared de la machine virtuelle, et d’autre part, cela alourdi de plusieurs dizaines de mégaoctets votre projet, alors que la machine virtuelle SciViews Box est déjà configurée pour gérer correctement la plupart des packages R dont vous aurez besoin.

Donc, on répète : ne jamais cocher l’option Use packrat with this project à partir du répertoire partagé Shared de la SciViews Box !

Terminez la configuration de votre projet en cliquant Create Project.

Étape 5. Le projet est crée. RStudio se configure tout seul pour fonctionner de manière relative à votre projet Oursins. Le nom du projet apparaît à la droite du bouton de gestion des projets (voir encadré bleu ci-dessous).

Notez, par exemple, que le répertoire de base de votre projet est devenu le répertoire actif dans l’onglet Console (~/Shared/Projects/Oursins/), et que l’onglet Files affiche maintenant son contenu. Un fichier Oursins.Rproj y a été ajouté automatiquement par RStudio. Ce fichier contient les paramètres de configuration propres à ce projet1. C’est aussi une excellente façon de repérer qu’un répertoire est la base d’un projet RStudio, en repérant ce fameux fichier .Rproj.

Étape 6. Créez à présent différents sous-dossiers pour structurer le projet, en cliquant sur le bouton New Folder de la barre d’outils de l’onglet Files.

Ajoutez deux dossiers : data et reports. Ces dossiers contiendront, bien entendu respectivement, les données à analyser et les rapports d’analyses liés à votre projet.

Étape 7. Ouvrez le sous-dossiers data du projet dans l’explorateur de fichiers sur votre ordinateur.

Placez-y les jeux de données intéressantes relatives au projet. Dans notre cas, nous allons copier les fichiers Oursins.xlsx et OursinsIni.xlsx depuis … (indiquer où on peut trouver ces fichiers).

Vous êtes maintenant prêt pour travailler dans RStudio dans une structure claire et gérable, quelle que soit la complexité de vos analyses.

Étape 8. Pour fermer le projet Oursins, sélectionnez le bouton de projet dans la barre d’outils générale, et sélectionnez ensuite Close Project.

Vous constaterez que RStudio se reconfigure tel qu’il était avant que vous n’entriez dans le projet Oursins. Revenez vers le bouton projet et resélectionnez le projet Oursins dans le menu contextuel… RStudio de reconfigure à nouveau tel qu’il était lorsque vous avez quitté dernièrement le projet. Il en sera de même pour tous les autres projets RStudio que vous créerez ensuite. Cela permet de compartimenter au mieux vos analyses, projet par projet !

Pour en savoir plus

Copyright © 2017-2018, Guyliann Engels & Philippe Grosjean, Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 (CC BY-NC-SA 4.0).

  1. N’éditer jamais à la main un fichier .Rproj. Laisser RStudio s’en occuper tout seul.↩

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